En 1939, c’est l’évacuation des Alsaciens en territoire libre après l’arrivée des Allemands. En 1940, il y a la débâcle. Dans la semaine du 16 au 21 juin, l’Alsace est occupée par les Allemands. Pour l’administrer, on nomme Wagner qui s’occupait déjà du pays de Bade depuis 1933. Un Hilfsdienst (service de secours alsacien) est créé le 21 juin par Robert Ernst dans le but de faire une propagande très active en faveur du retour de l’Alsace dans le giron du Reich. L’Occupant récupère les germanophiles alsaciens notoires, emprisonnés par les Français, afin d’en faire des Kreisleiter (fonctionnaires) ou des propagandistes pour préparer la voie au nazisme. Tous les fonctionnaires sont soit remplacés soit soumis à la contrainte d’accepter de signer leur adhésion au Troisième Reich sous peine d’être expulsés. Dès le mois d’août l’annexion de fait est réalisée : l’Alsace est rattachée au Gau de Bade et passe sous l’autorité de Wagner. Des expulsions massives se déroulent à partir du mois d’août jusqu’au mois de décembre 1940. Dès le mois de septembre 1940, un « camp de sûreté » de Schirmeck-Labroque Sicherungslager Vorbrück est mis en place. Sur un plan économique, le taux de change proposé par les vainqueurs entraîne l’effondrement économique de l’Alsace
[2]. Fin 1940, l’Occupant nazi considère être désormais face à une population « naturellement » favorable à l’idéologie nazie. En 1941, une « mise au pas » très rapide et une germanisation brutale (déjà commencée dès juillet 1940) ont lieu. Les deux évènements principaux sont les suivants : d’abord l’application du service du travail obligatoire le 23 avril puis le 21 mai, l’ouverture du camp de Struthof
[3]. En octobre, la première grande campagne de recrutement de volontaires est lancée et les résultats s’avèrent décevants en décembre 1941. En 1942, dès le 22 janvier, les Allemands connaissent leurs premières difficultés sur le front russe pour finir encerclés à Stalingrad le 22 décembre. Pendant le mois d’avril, la collaboration franco-allemande bat son plein. En Alsace, l’incorporation de force c’est-à-dire le service militaire obligatoire est instauré par une ordonnance de Wagner le 25 août. Les Alsaciens la considère comme l’événement le plus dramatique de cette période. Le problème de la nationalité, qui faisait obstacle jusqu’à présent à l’application du service militaire, est réglé par la même occasion le 23 août avec la version définitive de l’ordonnance sur la citoyenneté en Alsace. Cette dernière est accordée à ceux qui ont été appelés à servir dans la Wehrmacht et Waffen-SS et à ceux qui ont fait leurs preuves. En 1943, Hitler déclare la Guerre Totale dès le 13 janvier. Sur le plan militaire, la situation reste bien sombre. Le 31 janvier, on assiste à la reddition des Allemands à Stalingrad et, le 30 décembre, l’armée est en déroute en Ukraine. Pendant ce temps les villes allemandes subissent de nombreux bombardements par les Alliés. Le 28 janvier de la même année les hommes et les femmes sont tous mobilisés en Alsace. Parce que l’ordonnance sur la nationalité rend la situation difficile dans certains cas, le Ministre de l’Intérieur du Reich décide d’accorder la citoyenneté à titre révocable à tous les Alsaciens à compter du 1er août. En octobre, des mesures sont prises contre les « insoumis ». En 1944, le 9 mai 1944, les forces allemandes situées en France sont bombardées. Au mois de septembre, le 2, les détenus du camp de Struthof sont massacrés.